Ambientada en el siglo XXI, Ghost in the Shell se presenta en una primera lectura como un thriller futurista de espionaje, al narrar las misiones de Motoko Kusanagi, la Mayor a cargo de las operaciones encubiertas de la "Sección Policial de Seguridad pública 9" o simplemente "Sección 9", especializada en crímenes tecnológicos. La misma Kusanagi es un cyborg, un cerebro humano en un cuerpo artificial, lo que le permite ser capaz de realizar hazañas sobrehumanas especialmente requeridas por su labor.
La serie tiene una trama muy compleja y difícil de seguir si no se pone atención. La resolución de los casos que enfrenta la sección 9 no depende sólo de su capacidad represiva (aunque no falta acción), a menudo involucran intensivas investigaciones e incursiones en el terreno de la política o la diplomacia. Con la introducción del personaje del "Hombre Sonriente" y la exposición de la teoría psicológica "Complejo de Autosuficiencia" que pretende explicar su existencia, la serie se torna mucho más psicologista.
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